本发明提供了一种含贝莱斯芽孢杆菌的复方制剂和制备方法及其应用，涉及生物制剂技术领域。本发明提供了一种含贝莱斯芽孢杆菌的复方制剂，包括贝莱斯芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、粪肠球菌和中药浓缩液；所述贝莱斯芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、粪肠球菌和中药浓缩液的质量比为3‑5：4‑6：3‑5：2‑4。经试验证实可知，本发明所述含贝莱斯芽孢杆菌的复方制剂可有效防治家禽脚垫炎及霉菌毒素、饲料、微量元素缺乏导致的腿病等相关不良症状的发生，保护肠道，降低肉鸭、肉鸡、肉鹅脚垫炎发病率进而降低料肉比及死淘率，提高末重，为无抗养殖提供可发展之路。