本发明提供了一种降解赭曲霉毒素的复方制剂及其制备方法和应用，涉及生物制剂技术领域。本发明提供了一种降解赭曲霉毒素的复方制剂，所述复方制剂包括微生态制剂和中药制剂；所述微生态制剂包括贝莱斯芽孢杆菌、粪肠球菌和枯草芽孢杆菌。本发明所述复方制剂以可溶性淀粉或葡萄糖为载体进行包被处理，对制剂的有效成分具有保护作用，可以将有效物质顺利输送至胃肠道作用位置达到相应的功效。经试验证实可知，本发明所述制剂对赭曲霉毒素的降解效果可达到90％‑99％，并且对动物机体具有促生长、提高免疫力、保护脏器、提高毒素排泄能力。