本发明公开了一种制药发热炉的智能控制系统，包括：发热炉，多个发热炉均通过接口与控制器电性连接，多个发热炉呈矩阵式分布；控制器，负责接收中控系统发出的分配指令和煎煮工艺信息，通过接口向对应的发热炉发送控制指令，并实时接收每个发热炉反馈的状态信息；中控系统，通过网络与控制器信号相连通，中控系统负责向控制器下达分配指令和煎煮工艺信息，并实时接收由控制器发送每个发热炉的状态信息；其中分配指令是根据煎煮工艺信息、每个发热炉的空闲状态及发热炉的位置关系所生成。本发明可控制临近初始位置的发热炉开启，可将同一批的煎煮锅放在临近的地方进行煎煮，可缩短多个煎煮锅的运输时间，从而提高生产效率。