本发明公开了一种破壁灵芝孢子粉胶囊的制备方法，其先对绿色木霉菌进行培养，然后用所得代谢产物对收集的灵芝孢子粉进行处理，再加稀盐酸后进行间歇振荡处理，使孢子壁松散，处理后的孢子粉经水洗、干燥、机械破碎、紫外线灭菌后，制得所述破壁灵芝孢子粉胶囊。与传统物理、机械破碎破壁率低，往往难以达到满意的破壁效果相比，本发明操作简单，经处理后再采用机械破壁，可使所得灵芝孢子的破壁率达到99%以上，甚至100%，从而使灵芝孢子粉中的营养成分能更好的释放而被人体肠胃直接吸收。