本发明公开了一种杆状病毒表达猪瘟E2重组亚单位疫苗的制备方法与应用。所述猪瘟E2重组亚单位疫苗包含猪瘟病毒重组E2蛋白以及药学上可接受的佐剂。所述猪瘟病毒重组E2蛋白，其氨基酸序列为自序列表中序列3的氨基端第1‑339位所示的氨基酸序列、序列表中序列3所示的氨基酸序列、自序列表中序列4的氨基端第1‑339位所示的氨基酸序列、或者序列表中序列4所示的氨基酸序列。本发明提供的猪瘟E2重组亚单位疫苗免疫猪后可诱导产生特异性抗体，具有免疫原性强、安全性好且与当前流行毒株相匹配的优点；同时能够通过鉴别诊断区分疫苗免疫和野毒感染动物，可用于猪瘟病毒的净化。