本发明公开了一种基于安全的氮氢气压缩机自调新系统及其工作方法，包括气柜、罗茨风机和氮氢气压缩机，所述氮氢气压缩机一回一、二回一近路为自调状态，使一回一、二回一自调近路与气柜的高度相连锁；所述罗茨风机的进出口管道与风机安全水封相联通；所述气柜的高度按低报和低低报分别与氮氢气压缩机一回一、二回一近路相连锁；所述氮氢气压缩机的内部设有DCS控制系统，所述DCS控制系统内设有气柜高度探测器，实现对气柜高度的检测。本发明通过对气体压缩机近路进行改造，结合罗茨风机安全水封的联合运用，杜绝了造气气柜超低及抽负压的可能性，提升生产过程的安全性，达到本质安全的目的。