本实用新型提供了一种水飞蓟宾晶体分离装置，包括缓冲槽(1)和离心储液设备(2)，其特征是：所述的缓冲槽(1)，其下部为锥形结构，顶部左右两边各设置通气口(101)，上部空间设置有导流板(102)，将流体缓冲导流到下部锥形壁；所述的离心储液设备(2)为方形结构，由上部离心组件、中部取料组件和底部储液槽(211)组成，其入口与缓冲槽下部出口相连，相连管道之间设置电磁阀(103)，水飞蓟宾待分离液通过缓冲槽进入离心储液设备，经过离心储液设备上部离心组件和中部取料组件工作，可以获得产品水飞蓟宾晶体，并将待分离液中的溶剂通过其底部储液槽储放、处理。