本发明公开了一种气动截止阀的控制系统，涉及阀门领域，其包括主阀体、安装在主阀体上方的主缸体、安装在主缸体上方的辅助缸体以及连接主缸体和辅助缸体的副阀体，所述主缸体内设有主缸盖和主活塞，所述辅助缸体内设有辅助缸盖和辅助活塞，所述主缸盖和副阀体之间设有连通二者的第一通道，所述辅助活塞设有向下伸出辅助缸体且插入副阀体中的副阀杆，所述副阀杆底端设有副阀瓣，所述副阀瓣被辅助活塞带动上下运动时具有封堵第一通道和打开第一通道的两个动作。本发明具有快速开启，工作稳定性好的优点。