本发明公开了一种适宜机械化混播制种所用多基因聚合的两系不育系选育方法，通过具隐性褐色或麻壳或黑褐色等特异标记水稻亲本，与含有抗除草剂内源基因、显性半矮秆基因，且对赤霉素钝感的水稻优良两系不育系进行杂交后自交，并与恢复系进行测配，选择出配合力高、且具有上述基因和表现特征的两系不育系。本发明使两系不育系实现了多基因聚合，在该两系不育系所配组合进行混播制种过程中，授粉结束后喷施相应的除草剂，可杀死父本，保障生产合格的杂交种子；同时，因两系不育系对赤霉素钝感，克服了制种过程中喷施赤霉素造成株高过高、不易授粉的缺点，提高了制种产量。