本发明公开了一种抗倒伏水稻不育系的筛选与鉴定方法及其在育种中的应用，涉及水稻育种技术领域，所述方法步骤包括：在待筛选或鉴定的不育系始穗达5％时，进行连续喷施三天每天喷施一次赤霉素处理，利用鼓风机对准不育系穗颈部进行持续鼓风，通过测量鼓风后样本穗颈部与水平面的夹角大小，判断不育系样本的抗倒伏能力进行筛选或鉴定。本发明相比现有技术的检测方法更加简单高效、节约成本，可在水稻不育系选育过程中持续施加大风逆境环境，确保育成的水稻不育系的强抗倒性，为抗倒不育系育种提供了一种切实可行的新方法，提高了水稻抗倒育种效率，可大幅提高杂交水稻品种在生产中的通用性。