本发明涉及一种水稻正温敏不育系转换成可繁殖杂合雄性不育系的分子选育方法。本发明选用同时携带tms5和rtms10HB基因的农艺性状优良的正光温敏不育系S为轮回亲本，分别与携带rtms10RS基因的反温敏雄性不育资源RS和携带rtms10R基因的水稻资源杂交、回交并自交，通过分子辅助选择手段，分别选育与正温敏不育系相同遗传背景的反温敏不育系RS及杂合雄不育保持系HB，在短日低温条件下，以选育的RS为母本与HB或S杂交制种，进行杂合雄性不育系的繁殖；或在长日高温条件下，以S为母本，与RS杂交制种，进行杂合雄性不育系的繁殖。本发明杂合雄性不育系的育性不受光温影响，制种安全，可解决光温敏不育系制种潜在风险的技术难题。