本发明公开了一种快速精准选育优质抗病水稻品种的方法，步骤包括：选择优质水稻品种为母本，有明确抗病基因水稻品种为父本，进行杂交，获得F1代种子，种植获得F2种子；将F2种子脱壳成糙米，选取无垩白的完整糙米切成两个半粒，一一对应，其中有胚乳的半粒发苗、取样，并分子标记检测抗病基因；另半粒刮去种皮和糊粉层后碾磨成精米粉，用于测定单粒种子直链淀粉含量；筛选含纯合抗病基因、直链淀粉含量在13‑18％之间的幼苗进行移栽，选择综合农艺性状优良的单株，系谱法选育，室内考种、筛选，自交至F7代；测定F7代不同株系种子的各项品质指标，选择优质品系，即得优质抗病水稻品种。本发明大大缩短了育种年限，同时既节约田间育种用地又减少田间工作量。