本发明公开了一种水稻抗褐飞虱基因Bph3的分子标记方法及其试剂盒，属于分子标记技术领域，包括利用特异性引物B3InDel7F、B3InDel7R，对水稻基因组DNA进行PCR扩增，如果扩增获得了目的基因片段，则表明抗褐飞虱基因Bph3基因存在。该方法与现有技术相比，可直接通过电泳判断目标材料的基因型，方便快捷准确率高，可分辨目标材料是杂合还是纯合，准确率达100%；通过检测抗褐飞虱基因位点，可以在苗期就进行基因筛选，鉴定出含抗褐飞虱基因Bph3的单株，淘汰其它植株，大大节约了鉴定成本，缩短水稻品种的育种周期，从而加快育种进程。