本发明提供水稻抗稻瘟病基因Pi36共显性分子标记，包括标记SNP1和/或标记SNP2，其中，标记SNP1所含的多态性位点位于相应于水稻日本晴8号染色体2886707碱基处，该处碱基为G或A；标记SNP2所含的多态性位点位于相应于水稻日本晴8号染色体2888118碱基处，该处碱基为G或A。针对所述分子标记分别设计特异性扩增引物，通过PCR扩增进行Pi36基因型的检测。本发明的分子标记为共显性，可有效区分3种不同基因型，所述分子标记可用于选育抗稻瘟病水稻，缩短抗稻瘟病水稻的育种周期，加快育种速度，降低育种成本，具有操作简单，成本低廉，周期短等优点。