本发明涉及分子生物学及作物育种技术领域，具体涉及一种基于KASP技术水稻抗稻瘟病基因标记体系及其应用。本发明提供20种水稻抗稻瘟病基因SNP标记，用于扩增该SNP标记的KASP引物组序列如SEQ ID No.1‑60所示。采用本发明提供的KASP引物组可用于水稻分子标记辅助抗病育种，通过导入单个或聚合多个抗稻瘟病基因，实现水稻品种抗病性的定向改良或是培育新的抗病品种；也可对现有水稻品种和资源携带的抗稻瘟病基因类型、数量和组合进行全面系统地检测，为抗病基因及其供体的高效利用和水稻品种的合理布局提供数据支撑。