本发明提供一套基于KASP技术开发的玉米核心SNP标记及其应用。本发明利用生物信息学方法从大量种质资源基因型数据中挑选出22个玉米核心SNP标记。利用该套SNP标记组合对玉米材料进行检测，更精准、高效。在DNA质量满足一般KASP反应（或常规PCR反应）需求的情况下，检测的准确度和分辨率均很高，检测效率是SSR标记的10‑20倍，检测成本与SSR标记相当，同时检测过程中无需使用丙烯酰胺等有毒化学试剂。此外，反应体系构建可实现自动化，将导出的数据输入计算机软件，可以实现一键分析。真正实现了高通量、低成本、自动化安全检测。