一种农业育种玉米种子自动化加工生产线，包括玉米处理装置和气动输送装置，玉米处理装置包括从前向后依次设置的玉米脱粒机构、玉米筛分机构、玉米色选机构和玉米包衣机构，气动输送装置包括气动输送管道、气动输送驱动设备、输送管道支架和气动管道接头，气动输送驱动设备与气动输送管道的进气口连接，且向气动输送管道内部的压缩空气输送提供输送动力，输送管道支架设置在玉米处理装置的上方，气动输送管道缠绕输送管道支架设置，气动管道接头与连接气动输送管道连接，气动管道接头均开口向下设置，总之本发明具有生产效率高、适合批量化生产、育种玉米输送方便快捷、不容易发生育种污染和及时清理残留育种玉米的优点。