本发明涉及玉米种子筛选系统，其包括用于承载中转筐体旋转第二旋转花盘；第二旋转花盘具有第一交换工位、用于满载的中转筐体输出玉米粒的第二输出工位及作为备用的第三冗余工位；在第一交换工位，中转筐体承接下落的脱粒后的玉米种子；中转筐体底部具有电控挡板，在第二输出工位下方设置有振动传送网带，电控挡板打开，中转筐体中的玉米种子下落到振动传送网带上；本发明设计合理、结构紧凑且使用方便。