本发明涉及家畜育种技术领域，尤其涉及一种针对体尺性状的分子选育方法及其应用。所述分子选育方法包括：同时采用生长形状、繁殖性状和体尺性状评价猪的种用能力；所述体尺性状包括体长和体高；生长性状包括日龄、背膘厚，繁殖性状包括总产仔数。本发明将体尺类性状纳入现有的种猪基因组选择分子育种方案中，综合体尺类性状和生长、繁殖性状的遗传性评估结果，评价猪的种用能力，进而应用于种猪的育种中，得到一种评价猪的种用能力的选育方法，这对未来大体型种猪的选育具有重要意义。