本发明涉及一种去除口蹄疫抗原液中内毒素的方法，采用强阴离子交换层析进行分离，包括如下步骤：（1）平衡：用平衡液对层析柱进行平衡；（2）调节：根据口蹄疫抗原液的内毒素含量计算上样体积，需满足上样总内毒素含量低于层析柱最大载量，取计算体积的所述抗原液调节电导率至18～22mS/cm后上样；（3）收集：所述抗原液上样后，当紫外吸收曲线上升时开始收集层析透过液，上样结束后继续用所述平衡液进柱，同时继续收集层析透过液，直至紫外吸收曲线降至趋于平缓；（4）再生：用再生液对层析柱进行再生。本发明方法操作简单、适于大规模生产应用，抗原回收率高，内毒素去除率高。