本发明公开了一种口蹄疫全病毒颗粒疫苗组合物及其制备方法和应用。本发明的一种口蹄疫全病毒颗粒疫苗组合物，含有口蹄疫病毒的全病毒颗粒以及稳定冷冻保护剂，所述的稳定冷冻保护剂由以下物质组成：多元醇、缓冲溶液以及非离子表面活性剂。本发明提供的稳定冷冻保护剂，使疫苗抗原稳定，保护标记疫苗的效价和效果；在生产过程和冷链过程中保护标记疫苗抗原稳定或标记抗原库的抗原稳定，可在液体、冷冻的条件下较长时间保持标记抗原的效价或活性。