本发明公开了一种大规模制备高产率、高纯度、高安全的口蹄疫全病毒颗粒标记疫苗的方法及其产品。所述方法包括：a)收获病毒液；b)深层膜过滤、超滤、核酸酶解；c)强阴离子交换吸附床或吸附膜纯化；d)PEG沉淀、氯仿异戊醇抽提；e)灭活；f)蔗糖密度梯度离心纯化；g)超滤透析，除菌过滤；h)原液储备或乳化配制。本发明提供的口蹄疫全病毒颗粒标记疫苗抗原为均一完整的口蹄疫病毒颗粒，注入机体能够完全区别动物感染和免疫，不含口蹄疫病毒非结构蛋白和其他病毒颗粒，不含动物源性的外源蛋白、多肽、寡肽，有效降低了疫苗注射引起动物潜在过敏反应、致癌以及引起动物传染病如疯牛病的潜在风险，对动物食品安全和贸易没有影响。