本发明公开了一种耕耘机变速箱结构，包括箱体，可转动的安装在箱体上的动力输入轴和与动力输入轴平行且传动连接的动力输出轴，其特点在于，还包括可转动的安装在箱体上的且平行于动力输入轴设置的中间轴，动力输入轴与中间轴之间设置有中间轴传动齿轮系用于带动中间轴同向转动；在动力输入轴与动力输出轴之间设置有二档传动齿轮系用于带动动力输出轴以二挡转速正转；在中间轴与动力输出轴之间各自设置有一档传动齿轮系用于带动动力输出轴以一档转速正转和倒挡传动齿轮系用于带动动力输出轴反转；在所述中间轴上至少具有部分空置段且所述空置段能够与所述变速齿轮正对形成空挡档位。本发明具有结构简单、紧凑，动力传递更加合理，能够适应多种附加机具，能够提高作业效率的优点。