本发明提供一种基于定时器扩展的通信方法、系统及存储介质。该方法应用于主设备，主设备和从设备通过RX总线和TX总线连接；通信方法包括：在GPIO模式下，按位发送N位询问时钟信号至TX总线，并通过RX总线监听从设备反馈的询问应答时钟信号；其中，N为主设备挂载的从设备的最大数量；询问时钟信号基于定时器发送；在发送询问时钟信号后，监听到从设备反馈的对应该位询问时钟信号的询问应答时钟信号时，确定该位询问时钟信号对应映射设备ID的从设备在线。本实施例中，主设备和从设备基于时钟信号交互实现了全双工通信，且主设备或从设备对于监听到的时钟信号无需进行解析。