本发明提供了一种改善肠道菌群结构的方法，及其在制备调节肠道菌群的药物、营养品、保健品、食品、饮料中的应用。采用高通量测序技术以及多变量统计学方法找出了与宿主代谢密切相关的肠道细菌类群。以小檗碱为例，建立了改善肠道菌群结构的新方法，包括可以选择性地增加一部分细菌，如短链脂肪酸产生菌等，同时可以抑制一部分细菌，如可以产生内毒素的细菌等，从而预防或治疗包括由不当饮食诱导的系统炎性水平的提高、肥胖、胰岛素抵抗等代谢或免疫系统的紊乱。本发明还提供了一种筛选具有类似作用的药物、化合物、食品的方法，以及一种改善肠道菌群结构的组合物。本发明可以用于以肠道菌群为靶点的药物、营养品、保健品、食品、饮料等的开发。