本发明涉及一种生物质糖化发酵生产纤维素乙醇的系统，包括用于生物质原料酶解反应的反应器A，用于生物质原料发酵反应的反应器B，用于储存从反应器B出来物料的储罐，用于收集生物质原料发酵反应生成的纤维素乙醇的收集罐。反应器A分别连通反应器B、储罐和收集罐，反应器B连通储罐。本发明还公开一种使用该系统制备纤维素乙醇的方法。本发明对生物质原料分别间隔地进行多次酶解糖化、发酵和提取乙醇的循环过程，有效降低因乙醇积累对酶解和发酵过程的抑制，提高纤维素乙醇的转化率，且通过储罐的设置，可在一个系统中同时进行两批物料的处理，大大地提高纤维素乙醇的生产效率。