本发明涉及一种糖醇离交系统，包括离交前罐、前罐离心泵、离交组件、离交后罐以及依次连通的管路，离交组件包括多个离交阳柱和离交阴柱、离交中转罐、低pH储罐、高pH储罐和管道混合器，在低pH储罐与管道混合器连接的管路上分别设置计量泵和流量计，在离交后罐的排液管道上设置第一在线pH计，计量泵、流量计和第一在线pH计的控制信号相互连锁；在每个离交阴柱的进液管路上设置第二在线pH计、第一阴柱出液阀和第二阴柱出液阀，第二在线pH计分别控制第一阴柱出液阀和第二阴柱出液阀的开通和关闭。本发明还公开该系统的使用方法。本发明提高了离交阳柱的利用率，稳定了离交糖醇溶液的出料pH，避免了高pH离交糖醇溶液蒸发过程中变黄的现象发生。