本发明涉及一种控制木糖氢化副反应的系统，包括原料桶、进料计量槽、稀碱罐、催化剂计量槽和氢化反应釜，进料计量槽的进料端分别与原料桶和稀碱罐连通，进料计量槽的出料端与氢化反应釜连通，在原料管道上设置原料泵，在碱液管道上设置第一碱液泵，在进料计量槽上分别设置液位计和pH计，液位计与原料泵信号互锁，pH计与第一碱液泵信号互锁，催化剂计量槽与混料管道上的三通接头相互连通，氢化反应釜与稀碱罐连通，在氢化反应釜内设置釜搅拌装置。本发明还公开一种使用该系统的方法。本发明从进料pH值确定、反应釜转速等方面优化氢化工艺，控制氢化后木糖醇的损失量小于0.4％，减少因副反应导致的经济损失，提高氢化操作安全性。