本实用新型涉及一种利用木糖母液联产阿拉伯糖和低聚木糖的系统，所述系统包括原料储罐、工艺储水罐、勾兑罐、模拟移动床色谱分离系统、阿拉伯糖制备路径以及低聚木糖制备路径，模拟移动床色谱分离系统分别设置移动床进液口、移动床进水口、阿拉伯糖组分出料口以及低聚木糖组分出料口，阿拉伯糖制备路径包括依次连通的EX储罐、第一脱色罐、第一过滤器、第一离交系统、第一蒸发器、结晶装置、离心分离系统、干燥装置和阿拉伯糖储罐，低聚木糖制备路径包括依次连通的DX储罐、第二脱色罐、第二过滤器、第二离交系统、膜分离系统、第二蒸发器和低聚木糖储罐。本实用新型以木糖母液为原料，同时制备阿拉伯糖和低聚木糖，提升木糖母液的附加值。