本发明涉及一种离交树脂清洗系统，包括水洗塔以及缓冲罐，水洗塔通过进料管道和回流管道与离交柱相互连通，离交柱内的待清洗树脂通过进料管道被传输到水洗塔内清洗，水洗塔内清洗好的树脂再通过回流管道回送到离交柱内，在回流管道上设置输送清洗树脂的隔膜泵，在离交柱与水洗塔的底部设置清洗辅助管路，通过该清洗辅助管路分别向离交柱和水洗塔内通入纯化水或压缩空气；在水洗塔内设有分布器、收集槽和喷淋装置，分布器的进口端与清洗辅助管路连通，收集槽通过收集管路与缓冲罐连通。本发明还公开一种离交树脂清洗方法。本发明具有结构简单使用方便的特点，有效解决树脂结块、树脂污染、树脂破损等引起的运行柱压高、运行时间短的问题。