本发明涉及一种利用木糖母液色谱提取液制备精制木糖的系统，包括蒸发前罐、一次蒸发器、一次脱色罐、离子交换柱、二次蒸发器、结晶缸、一次离心机、溶解罐、二次脱色罐、三次蒸发器、真空煮糖罐和结晶缸、二次离心机、干燥机以及筛分机，木糖母液色谱提取液储存在蒸发前罐中，二次离心机离心处理得到二次母液和二次糖膏，一次脱色罐用于对一次蒸发器蒸发浓缩处理后的浓缩液与二次母液的混合液进行脱色处理，筛分机用于对干燥器干燥处理后的二次糖膏进行筛分以得到精制木糖。本发明还公开一种使用该系统的利用木糖母液色谱提取液制备精制木糖的方法。本发明减少精制木糖生产过程中存在的质量过剩、能源浪费等问题，降低了企业的生产成本。