本发明涉及一种木糖母液联产赤藓糖醇和阿拉伯糖的方法，利用第一色谱分离出木糖，得到提取液和提余液，提取液用于制备结晶木糖，提余液与液体葡萄糖或晶体葡萄糖进行调配，利用耐高渗、转化率高的解脂耶氏酵母发酵生产赤藓糖醇，再利用赤藓糖醇溶解度低，易结晶特性，先进行离心结晶处理得到赤藓糖醇晶体，赤藓糖醇的离心母液经第二色谱分离得到阿拉伯糖含量高的提余液，然后再制备得到阿拉伯糖晶体。本发明实现了木糖母液的高效利用，在得到木糖和阿拉伯糖的同时，利用其中葡萄糖生产附加值更高的赤藓糖醇，降低了发酵成本，增加了经济效益。