本实用新型涉及一种利用木糖糖膏联产木糖晶体和焦糖色素的系统，系统包括原料储罐、混凝罐、絮凝罐、中和罐、第一过滤器、纳滤膜分离器、电渗析膜分离器、色谱分离装置，蒸发浓缩罐、结晶罐、离心分离器、干燥器、糖液混合罐、褐变反应釜、第二过滤器和刮膜蒸发器；色谱分离装置的提取液出口与蒸发浓缩罐连通，提余液出口与糖液混合罐连通，离心分离器的固态物出口与干燥器连通，液态物出口与糖液混合罐连通，原料储罐储存待加工的木糖糖膏原料，干燥器输出的物料为木糖晶体，刮膜蒸发器得到的物料为高红指焦糖色素。本实用新型将无法利用、影响环境生态的木糖糖膏充分利用，还生产高附加值的木糖晶体和高红指焦糖色素。