本发明属于功能性缓释微胶囊制备技术领域，具体涉及一种复方天然植物提取物协同抗菌抗病毒多壳微胶囊及其制备方法和应用。本发明提供的多壳微胶囊，包括介孔SiO2纳米颗粒内壳；负载于所述介孔SiO2纳米颗粒内壳介孔中的复方天然植物提取物，复方天然植物提取物包括茶叶提取物、竹叶提取物、雪松木提取物和穿心莲提取物；包覆于所述介孔SiO2纳米颗粒内壳表面的中壳，中壳的化学组成包括明胶、阿拉伯胶和硅烷偶联剂；包覆于所述中壳表面的外壳，外壳的化学组成包括聚乙烯亚胺和辛烯基琥珀酸酯化淀粉。本发明采用多壳结构协同作用保证复方天然植物提取物在热压环境中保持抗菌、抗病毒性能，并通过稳定缓释实现持久抗菌、抗病毒。