本发明提供一种自交联核壳结构丙烯酸微乳液的制备方法，包括按次序进行的以下步骤：种子微乳液单体的预乳化、制备种子微乳液、制备核部分微乳液、壳部分微乳液单体的预乳化、制备自交联核壳结构丙烯酸微乳液。本发明所述的自交联核壳结构丙烯酸微乳液的制备方法采用比较常见的自交联单体代替价格昂贵的有机硅氧烷单体和含氟乙烯基单体，利用聚合技术提高乳液性能，使制得的丙烯酸微乳液价格低廉，可广泛应用；本发明制备的自交联核壳结构丙烯酸微乳液具有软壳硬核结构及自交联特性，平均粒径为60～100nm，具有纳米效应，用于水性木器底漆打磨性好，对基材的渗透性、润湿性好、附着力强、涂膜致密、透明性好、光泽较高及平滑性好。