本实用新型涉及一种燃气热水器防结垢控制系统，其包括主热交换器，所述主热交换器两端分别连接有进水管和出水管，所述进水管与所述出水管之间连接有混水管，还包括主控制器以及分别与所述主控制器连接的设定温度输入模块、显示模块、无线通信模块，所述混水管上设有电动混水阀，所述电动混水阀包括分别与所述主控制器连接的霍尔元件和调节阀，所述霍尔元件测量所述混水管的水流量并发送至所述主控制器，所述主控制器控制所述调节阀的开度。本实用新型具有防止燃气热水器的主热交换器结垢的效果。