本发明公开了微气泡热水器的运行方法，包括热水器主体；热水器主体包括冷水进水管、热水出水管、电子控制基板和加热模块；加热模块分别连接冷水进水管和热水出水管，将冷水进水管输入的冷水加热成热水，再通过热水出水管输出；热水出水管设有可在普通热水和微气泡热水之间切换的微气泡水发生装置；热水出水管设有可在普通热水和微气泡热水之间切换的微气泡水发生装置；冷水进水管设有微气泡热水出水控制装置。在使用时，电子控制基板根据操作者的设定控制微气泡水发生装置和出水控制装置工作。本发明通过微气泡水发生装置和出水控制装置实现纳米微气泡水发生装置和热水器的结合，实现纳米微气泡水的日用化。