本发明提供一种高性能的纳米纤维素/甲壳素复合纤维的制备方法，包括以下步骤：将纯化的纤维素经过纤维素酶溶液酶解、离心分离超声均质得到纳米纤维素晶须悬浮液；将甲壳素粉末去除矿物质和蛋白质后，经过氧化氢溶液中催化水解、离心分离研磨超声得到纳米甲壳素晶须悬浮液；将纳米纤维素晶须悬浮液和纳米甲壳素晶须悬浮液混合，真空抽滤脱泡形成复合晶须悬浮液；将复合晶须悬浮液置于挤出容器中，经加压加热挤出置于钢丝网上，施压干燥得到高性能的纳米纤维素/甲壳素复合纤维。该方法制备的纤维透明，比重轻，韧性好，柔软度好。