本发明公开了基于特征多肽鉴别天然麝香来源的液相‑质谱联用方法及其应用。本发明运用质谱蛋白质组学定向分析技术，建立了麝香中特征性多肽类成分的定量方法，并找到了养殖麝香与野生麝香在多肽成分和含量上的差异，可以填补麝香成分研究中的空白，为实现麝香的全面质量分析和质量控制提供关键指标，确保含麝香的中成药制剂的质量及其临床疗效。