本发明属轻工业领域，涉及一种利用益生菌发酵制备珍珠水解液的方法，是将珍珠粉碎后加入食用有机酸，搅拌溶解得有机酸珍珠溶解液，加糖分、水后接种益生菌，发酵培养，压滤得到滤液，灭菌，过滤，得珍珠水解液。本发明工艺简单，将有机酸水解、益生菌发酵相结合，能有效地将珍珠成分中的不溶性物质转化成处于游离状态的可溶性物质，水解程度高，珍珠营养成分损失小，解决了现有技术中珍珠有效成分利用率低、破坏程度大等问题，能进一步提高珍珠的营养价值，所得水解液可以作为保健食品或化妆品营养添加物使用。