本发明涉及食品技术领域，具体涉及一种低脂低糖巧克力风味牛奶及其制备方法，其制备方法包括:（1）将生牛乳脱脂，收集脱脂牛乳和稀奶油；（2）将脱脂牛乳经过巴氏杀菌、超滤浓缩，得料液A和料液B；（3）将料液B进行RO浓缩，得料液C；（4）将稀奶油、料液A和料液C混合标准化，再添加乳糖酶1混合酶解，杀菌，冷却，得料液D；（5）将乳糖酶2、可可粉、三氯蔗糖、赤藓糖醇、结冷胶、单，双甘油脂肪酸酯、蔗糖脂肪酸酯和料液D混合，两次均质，灭菌，冷却，灌装。本发明制得的产品低糖、低脂、无乳糖和富含膳食纤维，解决了低脂低糖巧克力牛奶甜味不够纯正，口感不够醇厚顺滑，无法满足健康和美味双重需求的问题。