本发明实施例提供一种用于变频压缩机系统的控制方法及其控制装置。该变频压缩机系统包括变频压缩机、蒸发器、电子膨胀阀以及冷凝器，变频压缩机包括超前压缩机及与其并联的一个或多个滞后压缩机。该控制方法包括：在变频压缩机系统的运行过程中，计算当前已运行的压缩机的质量流量；判断是否有滞后压缩机启动；在有滞后压缩机启动时，则基于当前已运行的压缩机的质量流量来获得将启动的滞后压缩机所需的质量流量；基于当前已运行的压缩机的质量流量及将启动的滞后压缩机所需的质量流量来获得变频压缩机系统的前馈流量指令；获得变频压缩机系统的反馈流量指令；及基于变频压缩机系统的前馈流量指令和反馈流量指令来控制电子膨胀阀的开度。