本发明公开了一种中央空调冷水主机换热器在线清洗方法及其清洗系统。所述中央空调冷水主机换热器在线清洗方法，包括设置发球启动温度及发球停止温度、清洗周期时间及间歇时间；实时读取冷水机组的逼近温度；当逼近温度大于发球启动温度时，执行发球命令，启动清洗步骤步直至逼近温度参数小于发球停止温度，再进行判断水泵是否运行，如果水泵运行则继续清洗至所进行的清洗周期完成后停止清洗；如果水泵停止运行则停止清洗。所述中央空调冷水主机换热器在线清洗系统包括发球机，收球机、用于控制发球机启闭的发球控制系统，本发明优化了冷水主机换热器在线清洗的控制策略，有效避免了能源浪费及减轻了设备和胶球的损耗。