本实用新型涉及车载空调技术领域，具体涉及一种多层叠合密封隔离结构及车载空调，包括基座、开设于基座的第一腔体和第二腔体、设于基座并将第一基座与第二基座分隔的分隔槽、安装于分隔槽的固定垫、叠放于固定垫上至少一组的密封分隔垫、及盖设于密封分隔垫的封装垫；固定垫开设有第一密封槽，密封分隔垫设有第一密封条，第一密封条压入至第一密封槽，密封分隔垫开设有第二密封槽，封装垫设有第二密封条，第二密封条压入至第二密封槽；本实用新型能够根据不同车型的高度进行叠放不同高度的密封垫，只需要增加密封分隔垫的数量即可，将第一腔体与第二腔体进行分隔，密封效果好，通用性好。