本发明公开了一种遥控自动门控制系统，包括自动门和遥控器，所述自动门包括和自动门主控器、遥控信号接收器、控制信号发射器和电机；所述遥控器包括遥控主控器、遥控信号发射器和控制信号接收器；所述自动门主控器的第一控制输出端和第二控制输出端电性连接所述电机，并通过所述第一控制输出端和所述第二控制输出端的输出电平控制所述电机的转动和转动方向。本发明还包括热释电红外探测器、指纹识别开门装置和手动按键开门装置。本发明还公开一种遥控自动门控制方法和遥控自动门。本发明既可以采用遥控控制自动门的开启，又可以采用开关按键、指纹识别来进行自动门的开启。