本发明提供一种加密通信方法、网络控制器以及门禁控制系统，该加密通信方法包括：S101：接收管理平台发送的加密数据，通过存储的内部密钥解密加密数据以获取项目密钥；S102：接收管理平台通过通信链接传输的命令数据，判断传输命令数据的通信链接是否设置有通信密钥，若是，则执行命令数据，并在确定命令数据包括与分控设备的通信后执行S103，若否，则不执行命令数据；S103：向发送给分控设备的数据包中加入校验偏移量，使分控设备根据校验偏移量对数据包进行合法性校验。本发明通过在管理平台与网络控制器的通信以及网络控制器与分控设备的通讯采取数据加密传输的方式防止人为截获数据进行非法控制门禁设备，提高了通讯的安全性以及可靠性。