本发明公开了一种微服务应用运行数据的采集方法及系统，基于部署文件启动数据采集功能，当监测到获取的全量微服务应用实例列表发生变化时，获取当前微服务架构上活跃的微服务应用实例信息，并提取出应用实例地址，并将应用实例地址对应的实例信息发送至指定文件中，从指定文件中获取最新待采集目标应用实例信息，利用最新待采集目标应用实例信息更新待采集目标应用实例列表，根据已更新的待采集目标应用实例列表中的应用实例地址访问对应的目标应用实例，采集目标应用实例对应的运行数据。本发明通过支持微服务架构，实现对全量微服务应用实例列表的状态变化的监测，能够感知各微服务应用的节点变化，保证了采集的微服务应用运行数据的实时性。