本申请提供一种跨库数据查询方法、装置和设备。该方法包括：服务器可以根据数据库信息生成查询指令集。该查询指令集中包括多条查询指令。服务器获取输入数据集。该输入数据集中可以包括批量的待查询数据集。服务器根据输入数据集和查询指令集，在多个数据库中查询得到第一目标数据集。服务器将查询得到的第一目标数据集作为输入数据集进行查询。服务器根据第一目标数据集和查询指令集，在多个数据库中查询得到第二目标数据集。服务器根据映射关系对第一目标数据集和第二目标数据集进行关联，生成第三目标数据集。本申请的方法，降低了跨库查询过程中，中间数据集存储的复杂度，提高了跨库查询的查询效率。