本发明一种变压器冷却器的控制器及其控制方法，所述的控制器包括机箱，设置在机箱内的至少三个机箱卡槽、设置在机箱背部的背板和通过一一对应的机箱卡槽插接到背板上的功能模块；功能模块包括依次连接一个双电源切换模块和一个主控模块，以及连接在主控模块输出端的至少一个电机启动及保护模块。控制方法包括电源故障监测和显示，冷却器的手动控制和冷却器的自动控制。将变压器冷却器的控制模块化，能够单独控制冷却器，可带电插拔更换模块，维护方面，适用于所有变压器冷却器的控制，减少了用户备件的种类与数量。也可集中控制，体积小，经济实用，为变压器冷却控制与维护及管理带来了极大的方便，弥补了变压器冷却器控制器的空白。