本发明公开了一种风机主控桨距及转矩指令处理系统，包括控制器输入单元、桨距控制单元和转矩控制单元；控制器输入单元包括发电机转速模块、转速给定模块和切换控制模块，桨距控制单元包括桨距控制器和桨距限幅模块，转矩控制单元包含转矩控制器和转距限幅模块；发电机转速模块和转速给定模块用于得到转速偏差，切换控制模块用于确定将转速偏差作为桨距控制器或者转矩控制器的输入，通过输入确定获得桨距指令或转矩指令，从而实现变桨或变流。本发明能实现风机的在各种发电工况下的平滑切换，实现风机在各种工况下的最大功率运行；同时通过切换控制模块能避免风机频繁进入和退出额定工作点，有利于提升风机的可靠性和运行寿命。